共青团南京医科大学委员会是南京医科大学先进青年的群众性组织,在校党委、团省委的领导下,围绕学校党政中心工作,秉承“博学至精  明德至善”的南医校训,服务学校发展大局,以思想引领为核心,以组织提升为重点,以素质拓展为抓手,以权益维护为突破,切实增强团组织的政治性、先进性、群众性,竭诚服务广大团员学生成长成才、全面发展。
      校团委现有专职团干部7人,二级学院分团委9个,直属学生团支部4个,直属教工团支部1个。校团委直接指导校级学生组织1个,学生志愿服务团体2个,学生艺术团体3个;管理学生社团87个。团学活动充分结合了医学生特点,形式多样、特色鲜明。