共青团南京医科大学委员会直属学生部门以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以加强对同学的政治引领为根本，扎根广大青年，围绕组织建设、思想引领、实践育人、志愿服务、创新创业、校园文化等方面，协助校团委日常工作的正常运行。

校团委下设十个直属学生部门，分别是：组织部、青年发展部、办公室、实践部、志工部、素质拓展部、科技创新部、社团管理部、校园文化建设部和红十字工作部。