南京医科大学校级学生组织是在校党委的领导下，在省学联、校团委的具体指导下，依托全校学生开展工作的群众性学生组织。以思想引领为核心，以组织提升为重点，以素质拓展为抓手，以权益维护为突破，切实增强团组织的政治性、先进性、群众性，竭诚服务广大团员青年成长成才、全面发展。

包括四大组织：校团委直属学生部门、校团委青年媒体中心、校学生会、校研究生会。各组织间联系紧密、密切配合，旨在更好地服务广大南医学子，营造蓬勃向上的校园氛围。