南京医科大学研究生会以“全心全意为同学服务”为宗旨，以全体研究生为服务对象，紧密围绕学校中心工作，着眼青年所需，致力于强化思想引领、传播青年故事、丰富校园文化、推动学术创新、完善权益服务，以实际行动服务研究生学子成长成才。

校研究生会下设六个部门，分别是：秘书处、宣传部、文体部、学术部、权益部和志愿服务部。