南京医科大学学生会以“全心全意为同学服务”为宗旨，坚持从同学中来、到同学中去，切实聚焦主责主业，围绕校园文化、权益维护、内引外联、学风建设等领域，充分发挥桥梁纽带作用，服务南医学子成长成才。

校学生会下设六个部门，分别是：秘书处、自律部、文艺部、体育部、权益部和外联部。